脳幹は“生命の座”と呼ばれており、呼吸、心臓の調節、血圧の調節、管運動、姿勢の反射、眼の保護、瞳孔反射、消化器の反射、排尿反射、体温調節、自律神経、摂食調節、ホルモン、睡眠、覚醒、その他身体を維持する中枢がありますが、特に興味深いのは、体内及び外界からの危険を回避する危険回避反射作用の中枢もここにあります。また、情動行動発現の中枢がここにあり、この脳幹（視床下部）で快・不快などの情動と呼ばれる感情の基礎となる心の動きが生まれます。言い換えれば、統合コントロールセンターです。

この脳幹に良い影響を与え、脳幹が本来の力を発揮できるように働きかけるのが、上部頚椎カイロプラクティックの特徴です。